100萬股權轉讓要交多少稅，要看情況而定。法人股東或自然人股東股權轉讓100萬元需繳納25%或20%的所得稅，以及印花稅和契稅。股權轉讓給個人，應納稅所得額為轉讓財產收入減去財產原值和合理費用后的余額，個人所得稅按20%的稅率繳納。如果轉讓方以原價轉讓的，不交個人所得稅。股權轉讓企業(yè)，則根據情況確認是否繳納企業(yè)所得稅。此外，還需按轉讓金額的萬分之五繳納印花稅。實繳股權不可以0元轉讓。

按照法律規(guī)定，申報的股權轉讓收入明顯偏低且無正當理由的，主管稅務機關可以對股權轉讓收入進行核定。如果申報的股權轉讓收入低于股權對應的凈資產份額，則認為股權轉讓收入明顯較低。股權轉讓收入由主管稅務機關按照凈資產核定法、類比法等合理方法依次核定。

法律依據：

第三條 個人所得稅的稅率：

(一)綜合所得，適用百分之三至百分之四十五的超額累進稅率;

(二)經營所得，適用百分之五至百分之三十五的超額累進稅率;

(三)利息、股息、紅利所得，財產租賃所得，財產轉讓所得和偶然所得，適用比例稅率，稅率為百分之二十。