與十六歲以上未成年人發(fā)生性關系，是否違法主要取決于是否違背其真實意愿。具體視情況而定：

1、如果對方是自愿的，且未違背任何意愿，則該行為不構成違法。

2、如果違背了對方的意愿，強行與其發(fā)生性行為，則屬于違法行為，涉嫌強奸罪。

對于強奸罪的立案標準如下：

(1)如果行為人通過暴力、脅迫或者其他手段強奸婦女的，應當立案追訴。

(2)如果行為人奸淫不滿14周歲幼女的，無論幼女是否同意，都應當立案追訴。

《中華人民共和國刑法》第二百三十六條

【強奸罪】以暴力、脅迫或者其他手段強奸婦女的，處三年以上十年以下有期徒刑。

奸淫不滿十四周歲的幼女的，以強奸論，從重處罰。

強奸婦女、奸淫幼女，有下列情形之一的，處十年以上有期徒刑、無期徒刑或者死刑：

(一)強奸婦女、奸淫幼女情節(jié)惡劣的;

(二)強奸婦女、奸淫幼女多人的;

(三)在公共場所當眾強奸婦女、奸淫幼女的;

(四)二人以上輪奸的;

(五)奸淫不滿十周歲的幼女或者造成幼女傷害的;

(六)致使被害人重傷、死亡或者造成其他嚴重后果的。