刑事案件中被告人不認罪，司法機關會依據(jù)案件證據(jù)及相關法律規(guī)定進行處理。

1、全面審查證據(jù)：司法機關精細審查物證、書證、各類筆錄、視聽資料等多類證據(jù)，綜合剖析，判定能否構(gòu)建完整鏈條，證實被告人犯罪事實。

2、重視客觀證據(jù)：被告人不認罪時，現(xiàn)場物證、監(jiān)控錄像等客觀證據(jù)穩(wěn)定性強、可靠，能填補供述空白，助力定罪量刑。

3、保障被告人權利：即便不認罪，被告人合法訴訟權仍受護，像有權聘律師、質(zhì)證、自我辯護。

4、嚴格證據(jù)標準：司法機關依法定標準認定事實，證據(jù)需確實、充分，即定罪量刑有證據(jù)，且經(jīng)法定程序查證屬實，排除合理懷疑。

5、法庭調(diào)查辯論：庭審中，法庭調(diào)查助控辯雙方亮證據(jù)、表意見，辯論環(huán)節(jié)就事實、證據(jù)、法律適用深入探討，凸顯爭議焦點。

6、法院判決：法官依庭審與證據(jù)獨立裁斷，不受被告人認罪態(tài)度左右，證據(jù)確鑿則依法判有罪。

總之，在刑事案件中被告人不認罪的情況下，司法機關會依法、公正、嚴謹?shù)靥幚戆讣?，確保案件的處理結(jié)果符合法律規(guī)定和公平正義的原則。

《中華人民共和國刑事訴訟法》 第二百條

在被告人最后陳述后，審判長宣布休庭，合議庭進行評議，根據(jù)已經(jīng)查明的事實、證據(jù)和有關的法律規(guī)定，分別作出以下判決：

(一)案件事實清楚，證據(jù)確實、充分，依據(jù)法律認定被告人有罪的，應當作出有罪判決；

(二)依據(jù)法律認定被告人無罪的，應當作出無罪判決；

(三)證據(jù)不足，不能認定被告人有罪的，應當作出證據(jù)不足、指控的犯罪不能成立的無罪判決。