證據不足不認罪的情況下，檢察院可能會作出不起訴決定，也可能會退回補充偵查以進一步完善證據。

1. 檢察院在審查案件時，如果認為證據不足，不符合起訴的條件，會依法作出不起訴的決定。這是基于保障犯罪嫌疑人的合法權益以及維護司法公正的原則。不起訴決定意味著案件不會進入審判程序，犯罪嫌疑人不會被起訴和審判。

2. 檢察院也可能會將案件退回公安機關補充偵查。這是因為現(xiàn)有證據雖然不足，但通過進一步的偵查工作，有可能獲取到足夠的證據來支持起訴。補充偵查有法定的期限和次數(shù)限制。在退回補充偵查期間，公安機關會按照檢察院的要求，重新收集、固定證據，對案件進行更深入的調查。補充偵查結束后，案件再次移送檢察院審查。如果補充偵查獲取的證據充分，檢察院可能會決定起訴;如果仍然證據不足，檢察院則應當作出不起訴決定。

需要注意的是，檢察院在辦理此類案件時，會嚴格遵循法律程序和證據規(guī)則，確保案件的處理合法、公正、準確。犯罪嫌疑人不認罪并不必然導致案件無法處理，關鍵還是在于證據的充分性和可靠性。

總之，證據不足不認罪時，檢察院會根據具體的證據情況和法律規(guī)定，采取相應的合法、合理的處理方式，以保障司法的公正和權威。

《中華人民共和國刑事訴訟法》 第一百七十五條

人民檢察院審查案件，可以要求公安機關提供法庭審判所必需的證據材料；認為可能存在本法第五十六條規(guī)定的以非法方法收集證據情形的，可以要求其對證據收集的合法性作出說明。

人民檢察院審查案件，對于需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。

對于補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢。補充偵查以二次為限。補充偵查完畢移送人民檢察院后，人民檢察院重新計算審查起訴期限。

對于二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。