如果被辭退員工不愿意辦理離職手續(xù)，公司可以采取多種合法合規(guī)的方式來處理，包括書面通知、溝通協(xié)商、保留證據(jù)等。

1. 發(fā)送書面通知：公司需書面正式通知員工被辭退，明確離職手續(xù)辦理的內(nèi)容、時(shí)間、地點(diǎn)，并強(qiáng)調(diào)不辦理對工資發(fā)放、離職證明開具等的影響。

2. 多次溝通協(xié)商：安排專人與員工溝通，了解其拒辦手續(xù)原因。若對辭退有異議，解釋依據(jù)與合理性;若是其他個(gè)人原因，則協(xié)助解決，促其配合。

3. 保留相關(guān)證據(jù)：在處理過程中，公司要注意保留與員工溝通的記錄，以證明公司已經(jīng)盡到通知和協(xié)商的義務(wù)。

4. 按照規(guī)章制度處理：如果公司的規(guī)章制度中有對不辦理離職手續(xù)的相關(guān)規(guī)定，應(yīng)按照規(guī)定進(jìn)行處理。

5. 尋求法律幫助：如果員工仍然拒絕辦理，且給公司造成了較大的損失或影響，公司可以咨詢專業(yè)律師，考慮通過法律途徑解決。

6. 辦理必要手續(xù)：在員工不配合的情況下，公司仍應(yīng)按照規(guī)定結(jié)算員工的工資、福利等，并在規(guī)定時(shí)間內(nèi)為其繳納社保、公積金等費(fèi)用。

總之，處理被辭退員工不愿意辦理離職手續(xù)的情況，公司應(yīng)保持理性和冷靜，依法依規(guī)進(jìn)行操作，同時(shí)盡量通過友好協(xié)商的方式解決問題，以降低潛在的法律風(fēng)險(xiǎn)和不良影響。

《中華人民共和國勞動合同法》 第五十條

用人單位應(yīng)當(dāng)在解除或者終止勞動合同時(shí)出具解除或者終止勞動合同的證明，并在十五日內(nèi)為勞動者辦理檔案和社會保險(xiǎn)關(guān)系轉(zhuǎn)移手續(xù)。

勞動者應(yīng)當(dāng)按照雙方約定，辦理工作交接。用人單位依照本法有關(guān)規(guī)定應(yīng)當(dāng)向勞動者支付經(jīng)濟(jì)補(bǔ)償?shù)?，在辦結(jié)工作交接時(shí)支付。

用人單位對已經(jīng)解除或者終止的勞動合同的文本，至少保存二年備查。